ปุ๋ยอินทรีย์หรือที่เรียกกันทั่วไปว่าปุ๋ยบ้านไร่หมายถึงปุ๋ยอินทรีย์ที่ออกฤทธิ์ช้าซึ่งมีสารชีวภาพตกค้างจากสัตว์และพืชอุจจาระของเสียทางชีวภาพและสารอื่น ๆ จำนวนมาก ปุ๋ยอินทรีย์ไม่เพียง แต่มีองค์ประกอบที่จำเป็นจำนวนมากและองค์ประกอบการติดตามสำหรับพืช แต่ยังมีสารอาหารอินทรีย์ที่อุดมไปด้วย ปุ๋ยอินทรีย์เป็นปุ๋ยที่ครอบคลุมมากที่สุด บทบาทของปุ๋ยอินทรีย์ในการผลิตทางการเกษตรส่วนใหญ่จะปรากฏในด้านต่อไปนี้:
ขั้นแรกให้ปรับปรุงดินและใส่ปุ๋ยดิน หลังจากใช้ปุ๋ยอินทรีย์กับดินแล้ว อินทรียวัตถุสามารถปรับปรุงสภาพทางกายภาพและทางเคมีของดินและลักษณะทางชีววิทยาได้อย่างมีประสิทธิภาพ ทำให้ดินโตเต็มที่ เพิ่มความสามารถของดินในการบำรุงรักษาและจัดหาปุ๋ยและบัฟเฟอร์ และสร้างสภาพดินที่ดีสำหรับการเจริญเติบโตของพืชผล
ประการที่สองเพิ่มผลผลิตและปรับปรุงคุณภาพ ปุ๋ยอินทรีย์อุดมไปด้วยอินทรียวัตถุและสารอาหารต่าง ๆ ให้สารอาหารสำหรับพืช หลังจากย่อยสลายปุ๋ยอินทรีย์ให้พลังงานและสารอาหารสำหรับกิจกรรมจุลินทรีย์ในดินส่งเสริมกิจกรรมของจุลินทรีย์เร่งการสลายตัวของอินทรียวัตถุและผลิตสารออกฤทธิ์ที่สามารถส่งเสริมการเจริญเติบโตของพืชและปรับปรุงคุณภาพของสินค้าเกษตร
ประการที่สามปรับปรุงอัตราการใช้ปุ๋ย ปุ๋ยอินทรีย์มีสารอาหารมากขึ้น แต่มีปริมาณค่อนข้างต่ำปล่อยช้าในขณะที่ปุ๋ยเคมีมีปริมาณสารอาหารสูงต่อหน่วยส่วนประกอบน้อยลงและปล่อยอย่างรวดเร็ว ทั้งสองถูกนำไปใช้ในการรวมกันที่เหมาะสมเพื่อเสริมซึ่งกันและกัน กรดอินทรีย์ที่ผลิตโดยการสลายตัวของอินทรียวัตถุยังสามารถส่งเสริมการละลายของสารอาหารแร่ในดินและปุ๋ยเคมี ปุ๋ยอินทรีย์และปุ๋ยเคมีส่งเสริมซึ่งกันและกันซึ่งเอื้อต่อการดูดซึมพืชและปรับปรุงอัตราการใช้ปุ๋ย